Fetullah Gülen 1966 yılında örgütü kurduğunda yakınındaki 14 kişiden biri olan Şengül, elebaşı Gülen öldükten sonra yerine geçecek isim olarak gösteriliyordu. Mehmet Ali Şengül, FETÖ’nün Türkiye’deki kumpas operasyonlarını koordine edip yöneten “Başyüceler” ya da “İstişare Heyeti” olarak da bilinen “Karanlık Kurul” içerisindeydi.
Elebaşı Gülen’e vekalet etmiştiFETÖ elebaşı Fetullah Gülen’in sadık adamlarından biri olan Mehmet Ali Şengül, 16 Şubat 1983’te gözaltına alınmış, 2 hafta sonra serbest bırakılmıştı. Hakkında yürütülen soruşturmalara rağmen Diyanet İşleri Başkanlığı’ndaki görevine devam eden Şengül, Samsun’a tayini çıkınca örgüt içinde “Samsunlu Hoca” olarak anılmaya başlandı. Gülen tarafından önce örgütün Avustralya, akabinde İsviçre, daha sonra da Almanya koordinatörlüğüne getirilen Şengül, Fetullah Gülen Türkiye’den kaçtıktan sonra bir süre yerine vekalet etmişti.
Mustafa Özcan’la liderlik kavgasıGülen’in 1999’da örgütün asker-polis sorumlusu olan Şengül, 2001’de örgütün Orta Asya sorumlusu olarak görevlendirilmişti. Örgütün Türkiye imamı Mustafa Özcan’la liderlik çekişmesi yaşayan Şengül, örgütün Uzakdoğu imamlığını da yapmıştı.
Şengül’ün örgüt içinde tayin, terfi ve yönlendirmelerin yapıldığı istişare heyetinde olduğu, FETÖ çatı iddianamesinde de yer almıştı. 15 Temmuz’dan önce firar eden Şengül hakkında “silahlı terör örgütü yöneticiliği” ve “anayasal düzeni ihlale teşebbüs” başta olmak üzere birçok suçtan yakalama kararı bulunuyordu.